Das tut mir leid, gerade weil so ein Fehler schwer zu finden ist. Das geht nur systematisch mit allem ausbauen, bis man es hat.
Ich hab noch zwei Tipps geben:
Eine wenig befahrene Strecke (z.B. Industriegebiet an Wochenenden) mit entsprechenden Schlaglöchern suchen und jemanden in den Kofferraum setzen, der es gut hören kann wo es her kommt.
Zweiter Tipp: mal offenem Kofferraum und mit offener Heckscheibe fahren, ob sich das Geräusch dann ändert.